Die jüdischen öffentlichen Bibliotheken wurden 1939  beschlagnahmte . Auf Befehl des RSHA [Reichssicherheitshauptamt] Amt VII musste die Verpackung in Kisten und der Abtransport nach Berlin auf Kosten der jüdischen Institutionen erfolgen. Schließlich gelangten die Bücher in das Gebäude der ehemaligen Großen Freimaurerloge in Berlin W 30, Eisenacher Str. 12-13, wo gestohlene Bestände aus jüdischen Bibliotheken aus vielen Ländern Europas konzentriert wurden. Im November 1943 wurden bei einem Bombenangriff viele Bücher in dem  Gebäude vernichtet – die Königsberger Bestände überlebten jedoch den Krieg.